Precisamente esa es la razon. Cuando oían el sonido "sh" lo escribían con x era uno de los sonidos que por ese tiempo tenía la grafía x posteriormente evolucionó al sonido j" y erroneamente se lo aplicaron a las palabras que estban escritas con x.

Lo cual sucedió precisamente con la palabra Mexico. y el intento de los primeros misioneros creo que fue loable al tratar de poner por escrito lo que oían y hacer una adaptación del alfabeto español a las lenguas indigenas. ahora lo que deberían hacer los que dominan esa hermosa lengua, sería unificar la escritura.